திருஞானசம்பந்தர் இத்தலத்திற்கு வந்தபோது, செய்யாறைச் சுற்றியுள்ள எதிரிகள் ஒரு வேள்வி செய்து அதிலிருந்து கொடிய பாம்பை அவர் மீது ஏவினர். அப்போது சம்பந்தர் சிவனை வேண்டினார். உடனே, பாம்பாட்டி வடிவில் சிவன் தோன்றி, அந்தப் பாம்பினை பிடித்து மறைந்தார். இதன் நினைவாகவே இத்தலத்தில் நாகலிங்கம் பிரதிஷ்டை செய்யப்பட்டது.

வேதபுரீஸ்வரர் கோவிலின் உட்பிரகாரத்தில், உயர்ந்த பீடத்தில் நாகலிங்க சன்னதி அமைந்துள்ளது. இதில் பதினொரு தலைகளுடன் கூடிய நாகம் பிரதிஷ்டை செய்யப்பட்டுள்ளதால், இது ஒரு தனிப்பெரும் சிறப்பு பெற்றது.

பீடத்தின் கீழ் பூமாதேவி,

அதற்கு மேல் மீன்,

அதன் மேல் ஆமை,

அதன் மீது பதினொரு யானைகள்,

அதன் மேல் பதினொரு நாகங்கள்,

அதன் மீது பதினொரு தலை நாகம் தனது அடி விரித்துள்ளதை காணலாம்.

நாகத்தின் சுருள்களால் உருவாக்கப்பட்ட பீடத்தின் மீது சிவலிங்கம் பிரதிஷ்டை செய்யப்பட்டுள்ளது.

சனிக்கிழமை இராகு காலத்தில் (காலை 9.00 - 10.30) வழிபட்டால் சர்ப்ப தோஷங்கள் விலகும்.

இந்த நாகலிங்கத்திற்கு அபிஷேகம் செய்து வழிபட்டால் திருமணத் தடைகள் நீங்கி, ஆமை தோஷம் நிவர்த்தியாகும்.

ஒவ்வொரு தமிழ் மாத பிறப்பன்றும், கோவிலின் தலமரமான பனைமரத்திற்கும், நாகலிங்கத்திற்கும் சிறப்பு அபிஷேகம் நடைபெறுகிறது.

இந்த பரிகார வழிபாடுகள் சர்ப்ப தோஷத்தால் பாதிக்கப்பட்டவர்களுக்கு நிவாரணம் அளிக்குமென்று பக்தர்கள் நம்பிக்கை கொள்ளுகின்றனர்.