அந்நியர்களின் படையெடுப்பின்போது பூரி ஜகந்நாதர் கோவில் சிலைகள் எடுத்துச் சென்று மறைத்து வைக்கப்பட்டதைப்போலவே, கொனாரக் கோவிலின் வழிபாட்டுச் சிலைகளும் கோவில் பணியாளர்களால் மறைத்து வைக்கப்பட்டன. கொனாரக் கோவிலைச் சுற்றிலும் மணற்பாங்கான காட்டுப் பகுதி என்பதால் மணலுக்கடியில் வழிபாட்டுருவங்களைப் புதைத்து வைத்தனர். வேற்று நாட்டுப் படையினர் வெளியேறிய பிறகு, பூரி ஜகந்நாதர் திருவுருக்கள் கோவிலுக்குள் நிறுவப்பட்டன. அவ்வமயம் கொனாரக் கோவிலின் சூரியக் கடவுளின் சிலையும் பூரி ஜகந்நாதர் கோவில் வளாகத்திற்கே எடுத்துச் செல்லப்பட்டதாக ஒரு தரப்பினர் கூறுகின்றார்கள். அதனை மறுக்கும் சிலர், புதைக்கப்பட்ட வழிபாட்டுச் சிலைகள் ஒருபோதும் எடுக்கப்படவில்லை என்கிறார்கள். புதைக்கப்பட்ட இடம் சிலர்க்கே தெரியும் என்பதால் அம்மறைவிடம் யார்க்கும் சொல்லப்படாமல் காலத்தில் கரைந்துவிட்டது என்பது அவர்கள் கருத்து.

புது தில்லியில் உள்ள தேசிய அருங்காட்சியகத்தில் சூரிய தேவனின் சிலை ஒன்று இருக்கிறது. அச்சிலை கொனாரக் கோவிலிலிருந்து கொண்டு வரப்பட்டுப் பாதுகாப்பாக வைக்கப்பட்டிருக்கிறது என்றும் ஒரு குறிப்பு உண்டு. கிபி 1626ஆம் ஆண்டு வாக்கில் கூர்த்தப் பகுதியை ஆண்ட புருசோத்தம தேவரின் மகன் நரசிம்மத் தேவர் கொனாரக் கோவிலிலிருந்த சூரிய சந்திரர் சிலைகளை அகற்றி எடுத்துப்போய்ப் பூரி ஜகந்நாதர் கோவிலில் வைத்துவிட்டதாகவும் கூறுகிறார்கள். அவருடைய காலத்தில் கொனாரக் கோவிலின் அளவைகள் எடுக்கப்பட்டன. அப்போது கோபுரக் கலசக் கல் நீக்கப்பட்டிருந்ததால் வலுவிழந்திருந்த கோபுரம் சரிந்து விழுந்துவிட்டது. பெருங்கற்கள் சரிந்த அதிர்ச்சியில் கோவிலின் பிற பகுதிகளும் ஆட்டம் கண்டன. அந்தச் சரிவிலிருந்து பிறகு கொனாரக் கோவில் எழவேயில்லை.

கோவிலின் முன்புறத்திலிருந்து நடன மண்டபம் தேர் வடிவக் கோவிலுக்கு எதிரான அமைப்பு, தேர் நகர்வதற்குத் தடை என்று சிலர் கருதினார்கள். அதன்படி அழகிய சிற்பங்கள் பதிக்கப்பட்டிருந்த நடன மண்டபத்தின் கூரைப்பகுதியை அகற்றும் முயற்சியும் நடந்தது. கொனாரக் கோவிலின் சிற்பப் பேரழகில் மயங்கிய அரசர்கள் கோபுரத்தின்மீது பதிக்கப்பட்டிருந்த சிற்பங்களைக் கவர்ந்து செல்வதற்காகவே கோபுரத்தைச் சிதைத்திருக்கிறார்கள். கோவிலின் எண்ணற்ற சிற்பங்கள் பூரி ஜகந்நாதர் ஆலயத்திற்குக் கொண்டு செல்லப்பட்டிருக்கின்றன. மராத்தியர்கள் ஆண்ட போது கொனாரக் கோவில் கற்களைப் பெயர்த்தெடுத்துச் சென்று பூரிக்கோவிலின் மதில்களை வலுப்படுத்தியிருக்கிறார்கள். கிபி 1779ஆம் ஆண்டில் மராத்திய சமயப் பெரியவர் ஒருவர் கொனாரக் கோவிலின் சூரியக் கம்பத்தை அகற்றி எடுத்துச் சென்று பூரிக்கோவிலில் நட்டுவிட்டார்.

எது எப்படியோ, காலப்போக்கில் ஒவ்வொருவரும் கொனாரக்கின் விண்முட்டும் கோபுரத்தைத் தகர்த்தெடுத்து கோவிலை மூளியாக்கியதில் பங்காற்றியிருக்கிறார்கள். சிற்பங்களைச் சிதைத்து அப்புறப்படுத்தத் தயங்கவில்லை. வழிபாட்டுத் திருவுருவான மூலவர் அகற்றப்பட்டதால் கோவிலில் விழாக்கள் நடைபெறாமல் தேங்கி நின்றன. கோவிலில் எந்நிகழ்ச்சியும் இல்லை என்பதால் அடியவர்களின் வருகை குறைந்தது. கோவில் கோபுரமும் கலயக் கல் இல்லாமல் தலையிழந்து நிற்பதைப்போல் நின்றது. உள்ளே சென்றால் இடிந்து தலைமீதே விழும் என்ற அச்சம் ஆட்டிப்படைத்தது. புகழ்பெற்ற துறைமுகமாக விளங்கிய கொனாரக் துறைமுகம் கடல் கொள்ளையர்களின் எளிமையான இலக்கானது. துறைமுகமும் அடிக்கடி கொள்ளையிடப்பட்டதால் கடல்வழிப் போக்குவரத்தும் அருகியது. கோவிலும் பாழடைந்தது. துறைமுகமும் கைவிடப்பட்டது. கொனாரக் ஊர்ப்பகுதி மொத்தமாய் வெற்றிடமானது.

சுற்றிலிருமிருந்த அடர்ந்த காடு பெருகி கொனாரக் கோவிலைத் தனக்குள் இழுத்துக்கொண்டது. கோவிலைச் சுற்றிலும் அடர்ந்த மரங்கள் முளைத்தன. அவை எல்லாவற்றையும் மூடிவிட்டன. அடர்ந்த காடு, கொன்றுண்ணும் விலங்குகள், கடற்கொள்ளையரின் தங்குமிடம் என்று சில நூற்றாண்டுக் காலம் மக்களின் தொடர்பே இல்லாமல் காலத்தில் உறைந்திருந்தது கொனாரக் கோவில். அதன் பிறகு ஆங்கிலேயர் ஆட்சிக் காலத்தில்தான் காட்டுப் பகுதிக்குள் காலடி வைத்து அந்தக் கற்புதையலைக் கண்டு பிடித்தார்கள்.